Rune Factory é um jogo de fantasia e RPG, que mistura elementos dos jogos de Harvest Moon, adaptado ao seu estilo. Habitado em um mundo fantástico em que monstros circulam em dungeons, o jogador controla um personagem que se vê perdido em uma cidade, sem memória, e é ajudado por uma doce e inocente moradora, que lhe fornece comida e abrigo, além de suas primeiras armas/ferramentas do jogo: uma enxada e um regador.

O conceito de Harvest Moon é muito bem misturado na maneira com que o jogo foi planejado. O jogador deve plantar, cuidar e colher suas plantas através de hortas montadas pelo mesmo, progredindo e ganhando dinheiro. Também é possível namorar e se casar, melhorando seu status, e posteriormente podendo ter um filho.
As diferenças do jogo ficam claras quando os elementos de RPG vêm a tona. O jogador possui leveis e status para cada atividade (desde farming ou fishing até swordship e magic), melhorando com o progresso das mesmas. Sim, o jogador também possui level, que aumenta de acordo o com a quantidade de monstros derrotados nas dungeons espalhadas pelo jogo. Além disto, estes próprios monstros podem ser "capturados", servindo como os animais de Harvest Moon, podendo fornecer coletáveis (como leite ou lã) ou servindo com uma habilidade especial (como montaria ou cortar grama).

Seus gráficos cel shading ao estilo anime cativam, e deixam o jogo mais agradável e carismático, tornando apreciadores do estilo fãs da série. De uma forma exclusiva, o jogo conseguiu agradar a todos os fãs de Harvest Moon, que apreciaram o título apesar das grandes mudanças de jogabilidade comparado ao estilo clássico do jogo.

O título trás uma história original. Aden e Sonja, dois amigos de infância de sexos opostos, vivem uma vida tranquila em Fenith Island, até serem abatidos por uma maldição que faz com que os dois compartilhem o mesmo corpo, além de transformar a ilha em um lugar estranho, com pessoas das quais eles nunca viram. Agora, explorar a ilha e descobrir seus mistérios é a única maneira de fazer com que tudo volte ao normal.

Para ajudar nesta aventura, Aden e Sonja terão o auxílio de um Golem gigante chamado Ymir, que auxiliará os dois em viagens no mar, pelas terras e em outros processos, podendo levantar barcos e navios afundados.
Da mesma maneira como as versões anteriores de Rune Factory, o jogador possuirá atributos e status, que progridem de acordo com a aventura e as ações do usuário. Diversos monstros e inimigos estarão presentes para serem eliminados.

Novas dungeons e ilhas estarão presentes para serem exploradas, que são lineares a história do jogo, cada qual com um chefe, que liberará ítens exclusivos, além de uma boa dose de exp.
 Os gráficos também mudaram em sua nova versão. Uma coisa muito perceptível para fãs da série é que os diálogos não mais terão um avatar do personagem, e sim seu modelo completo, mostrando sua reação de acordo com a conversa. A câmera ingame estará diferente também, saindo do modo estático para mais dinâmico.

O fator Harvest Moon também estará presente, assim como sempre, onde o jogador deverá cuidar da fazenda, colher, plantar, forjar, cozinhar, e por aí vai. O único fator que ainda não foi explicado é o fato do relacionamento, onde como dois personagens presos em um corpo poderão paquerar a fora da cidade.